Phiên bản trên 3DS này sẽ có thêm cố truyện và một số Digimon mới.

Số mới nhất của tạp chí V-Jump cho biết, tựa game Digimon World Re: Digitize được Tri-Crescendo phát triển trên hệ máy PSP sẽ có một phiên bản tương tự dành cho 3DS với tên gọi Digimon World Re: Digitize Decode.

Bên cạnh đó, Digimon World Re: Digitize Decode cũng chính là tựa game thứ 4 nhằm đánh dấu kỷ niệm 25 năm về Digimon, và nó còn được bổ sung thêm một số Digimon mới có thể kể đến là X-Antibody Digimon - một dạng tương tự như Omnimon X-Antibody và Gallantmon X-Antibody. Phiên bản lần này sẽ đưa người chơi vào hai chương mới trong câu chuyện là "The Lamentable X-Antibody" và "The Scheming Demon King".

Ngoài ra, người chơi còn có một ability ẩn mới gọi là Decode - bạn có thể lấy sức mạnh của Digimon đang sỡ hữu để tăng Decode Levels bằng cách huấn luyện chúng và làm cho chúng mạnh hơn.